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El Museo de Ciencias de la Universidad de Navarra cuenta con un fondo de más de 1.000 ejemplares de rocas, minerales y fósiles. Los ejemplares proceden principalmente de las donaciones del Colegio de Nuestra Señora del Buen Consejo de Lekaroz (rocas, minerales y fósiles) y de la colección personal de D. Manuel Martel, constituida principalmente por minerales de gran belleza y tamaño.

La colección cuenta también con algunos ejemplos de los fósiles más abundantes en las montañas que nos rodean, así como de ejemplos de grupos ya extintos como trilobites y
ammonites.

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El Museo tiene en su exposición numerosas piezas de intrumental de laboratorio y farmacia antigua. Una visita por la vitrinas nos permite ver diferentes recipientes con especias, microscopios, luminoscopio, matraces, probetas y vasos de precipitación -entre otros-, así como otros documentos y libros que han sido donados para su exposición. Además, el Museo cuenta con una antigua farmacia del s.XIX que perteneció a D. Marcos Usía, boticario de Llodio (Álava), y fue donada en 1.973 por su familia.

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Los vertebrados suelen ocupar un lugar predominante en cualquier Museo de Historia Natural. Los mamíferos, aves y reptiles naturalizados son la base de la exposición y algunos grupos sirven para explicar fenómenos de adaptación, evolución y relaciones filogenéticas. Entre las vitrinas del edificio de Ciencias pueden encontrarse varios cientos de ejemplares y especies, algunas de lugares exóticos aunque la mayoría son especies europeas. Están bien representadas las especies ibéricas de reptiles y anfibios (con entre el 60 y 80% de las especies citadas en la península) y una gran representación de mamíferos y aves. Los fondos de investigación en este grupo se centran principalmente en las especies de peces de agua dulce y los micromamíferos (roedores e insectívoros) de los que existe un extenso registro (temporal y geográfico) del territorio navarro y cuentan con la totalidad de especies ibéricas de este grupo.

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El origen del Herbario de la Universidad de Navarra se remonta a la llegada del profesor T.M. Losa España en 1964 a la universidad. Un año más tarde la Dra. M.L. López inició su tesis doctoral, manteniendo sus contribuciones al herbario de forma ininterrumpida durante varias décadas. En 1970 se registró el herbario en el Index Herbariorum bajo el acrónimo PAMP. Actualmente forma parte de la Asociación de Herbarios Ibero-Macaronésicos (AHIM) como miembro institucional.

La mayor parte del material depositado en el herbario procede de las recolecciones efectuadas por investigadores del Departamento de Botánica de la Universidad de Navarra, producto de tesis, tesinas y diversos proyectos de investigación realizados generalmente en el territorio de la Comunidad Foral de Navarra. El herbario alberga varias colecciones organizadas por grupos taxonómicos: hongos, líquenes, briófitos y plantas vasculares. La colección de plantas vasculares es la más numerosa y en ella se conservan aproximadamente 100.000 ejemplares, siendo cerca de 50.000 los que se encuentran informatizados y más de 40.000 los publicados en GBIF.

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Los invertebrados no insectos constituyen la parte más importante de los fondos del Museo, al menos en lo que respecta al número de ejemplares y especies que se encuentran conservadas en sus instalaciones. Entre otros grupos, cientos de miles de ejemplares de nematodos, anélidos, moluscos y, sobre todo, arácnidos (arañas y ácaros) y colémbolos, se encuentran depositados y conservados en las instalaciones del Museo. Décadas de investigación dedicadas a distintos aspectos de la ecología de nuestros suelos han dado lugar a esta extensa colección que incluye más de 250 series tipo (nuevas especies para la Ciencia). El tamaño habitual de estos animales (del orden del milímetro) hacen muy difícil su exposición al público y permanecen en los fondos a disposición de los investigadores que lo soliciten.

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Los insectos son el otro gran grupo de invertebrados, numeroso en cantidad de ejemplares y especies, que podemos encontrar entre las colecciones del Museo. Entre los insectos de las colecciones destaca un grupo de especial belleza y diversidad: los lepidópteros. Este grupo, que engloba a las mariposas y polillas, tiene una gran representación de especímenes tropicales gracias a las donaciones recibidas. En la exposición pueden verse algunas de las especies de mayor tamaño del mundo y otras sorprenden por la viveza de sus colores. Las especies de mariposas locales han sido también objeto de diversos proyectos de investigación y, junto con otros insectos, aportan varias series tipo a la colección.

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